FACULTE de PHARMACIE

TUTORAT UE spécifiques 2010-2011 Méthodes d’étude et d’analyse du génome QCMs supplémentaires QCM n°1 : Soient les enzymes de restriction de type II suivantes. Le site de coupure est représenté par une barre oblique. Quelles sont la ou les enzymes qui sont des enzymes 5’ cohésives ? A. NopI : G/TCGAC

B. AbrI : C/TCGAG

C. SmaI : CCC/GGG

D. PvuI : TT/CGAA

E. MxaI : GAG/CTC

F. Aucune

QCM n°2 : L’hybridation de l’ADN dans les techniques de biologie moléculaire : Quelle(s) est (sont) la (les) propositions(s) exactes(s) ? A. Les sondes et les amorces s’hybrident toujours sous forme d’ADN simple brin. B. Les sondes nucléotidiques utilisées en Southern blot sont généralement plus courtes que les amorces utilisées en PCR. C. Les sondes sont dites « chaudes » lorsqu’elles sont radiomarquées. D. Une sonde polymérisée par un mélange de dNTP contenant du phosphore 32 radioactif en position gamma (γ) est une sonde à marquage interne. E. Une amorce est une séquence ADN double brin. F. Toutes les propositions précédentes sont fausses.

QCM n°3 : Pour réaliser correctement une procédure de séquençage selon la technique de Sanger et Coulson, vous utiliseriez 4 tubes contenant tous le brin d'ADN à séquencer, une ADN polymérase et une amorce. Concernant ces 4 tubes : A. B. C. D. E. F.

Ils contiennent tous les 4 molécules de dNTP en grande quantité. Ils contiennent chacun une seule des 4 molécules de dNTP en faible quantité. Ils contiennent tous les 4 molécules de ddNTP en grande quantité. Ils contiennent chacun une seule des 4 molécules de ddNTP en faible quantité. Ils contiennent chacun une seule des 4 molécules de ddNTP en grande quantité. Toutes les propositions précédentes sont fausses.

QCM n°4 : Concernant le clonage moléculaire, choisir la ou les propositions exactes : A. C’est la recombinaison in vivo d’une séquence d’ADN avec un vecteur. B. Pour qu’une bactérie produise une protéine thérapeutique en grande quantité, il faut recombiner l’insert dans un chromosome de la cellule hôte. C. Après la transgénèse, le gène transféré est présent dans toutes les cellules de l’organisme mais ne s’exprime que dans certaines. D. Pour permettre la recombinaison entre l’insert et le plasmide, le plasmide doit être préalablement dénaturé. E. Pour l’homme, on peut utiliser la transfection mais pas la transgénèse. F. Toutes les propositions précédentes sont fausses.

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QCM n°5 : En utilisant la méthode de séquençage de Sanger et Coulson on obtient : - 2 fragments terminés par ddATP - 3 fragments terminés par ddTTP - 2 fragments terminés par ddCTP - 4 fragments terminés par ddGTP Parmi les séquences suivantes, laquelle ou lesquelles peuvent correspondre à la matrice initiale ? A. B. C. D. E. F.

TACGGAGCTGT AATACCGCTGC GAGCCATTCAC TCCAGATAGCT CGCGATTCATC Toutes les propositions précédentes sont fausses.

QCM n°6 : Méthode MLPA. Certaines mutations de type « macrodélétions » sur le gène de la dystrophine peuvent être responsables de la Myopathie de Duchenne (MD). Ce gène contient 79 exons et est porté par le chromosome X. On réalise une analyse multiplex type MLPA chez 3 sujets :   

Sujet n°1 supposé sain. Sujet n°2 supposé atteint d’une forme « à évolution lente » de MD. Sujet n°3 supposé atteint d’une forme plus sévère de MD.

Les résultats obtenus sont les suivants :

Fluorescence ratio

Exon n°

4

10

15

18

21

45

46

48

50

70

Quelle(s) est (sont) la (ou les) propositions(s) exactes(s) ? A. B. C. D. E. F.

A l’issue de l’étape de PCR, tous les fragments amplifiés ont la même longueur. Les données permettent d’affirmer que le patient n°2 est de sexe féminin. Le patient n°3 semble être porteur d’une délétion étendue contenant les exons 45 46 48. Dans une analyse MLPA, la réaction de ligation est un pré-requis à la réaction d’amplification. L’analyse MLPA est une méthode de « criblage » de macrolésions. Toutes les propositions précédentes sont fausses.

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Question supplémentaire (Enoncé de Bernard Carcy) Dans la perspective de produire une protéine recombinante étiquetée avec une séquence (His)6 du côté N-ter, on vous charge de cloner au niveau des sites BamHI et HindIII du site de clonage multiple (SCM) d’un vecteur pQE (Figure 2), la région comprise entre les sites BamHI (g/gatcc) et HindIII (a/agctt) de l’ADNc suivant (Fig.1) :

BamHI HindIII Atg tcc gga tcc gat aac ata act tcg tat atc cat gtt caa tgg ccc taa gct tgc att Met Ser Gly Ser Asp Asn Ile Thr Ser Tyr Ile His Val Gln Trp Pro STOP

Figure 1: Séquences nucléotidique et peptidique de l’ADNc à cloner dans un vecteur pQE. Les sites BamHI et HindIII sont indiqués en gras et la flèche indique leur site de coupure. Les codons d’initiation et de terminaison sont indiqués par un cercle et un carré, respectivement.

Codon initiation de la protéine recombinante

Site de Clonage Multiple (SCM) Site BamHI

Site HindIII

En soulignés : Codons STOP du vecteur Figure 2: Séquences nucléotidique des vecteurs pQE30, pQE31 et pQE32 dans la région du SCM.

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Tableau 1 : Le code génétique

Question : A partir de ces quelques données, choisir le vecteur pQE adéquat pour obtenir une protéine fonctionnelle et correctement étiquetée.

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